Depuis 2017, un Comité de l’eau et de la biodiversité (CEB) a vu le jour à La Réunion, en Martinique, en Guyane et à Mayotte. Début 2018, c’est au tour de la Guadeloupe de constituer les membres de son comité. Les CEB ont été créés par la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages et redessinent le cadre de la gouvernance de l'eau en France.
Pour les départements et régions d’outre-mer, le CEB a vocation à assurer le rôle des Comités de Bassin et des Comités régionaux de la biodiversité tels qu’ils existent en métropole, dont les missions sont définies à l’article L.371-3 du code de l’environnement. Il s’agit de lieux privilégiés d’information, d’échanges et de concertation sur tout sujet ayant trait à l’eau et à la biodiversité dans leur territoire, en termes de continuité écologique ou de gestion et de préservation des espèces par exemples. Ils assurent notamment l’élaboration des schémas directeurs d’aménagement et de gestions des eaux, la proposition des programmes et travaux et des redevances des offices de l’eau et des départements d’outre-mer.
Le CEB peut être consulté sur tout sujet susceptible d'avoir un effet notable sur la biodiversité.
Tous les 3 ans, chaque comité de l’eau et de la biodiversité élit son (ou sa) président(e) parmi ses membres qui peut être issu(e) des collectivités territoriales, des usagers, des personnalités qualifiées ou des organismes socio-professionnels.