fermer

L’épizootie responsable de l’inquiétant déclin des populations d’amphibiens dans le monde menace la Guyane

Plusieurs études scientifiques s’accordent pour évoquer la disparition, de grande ampleur, des populations d’amphibiens à travers le monde. Ce déclin serait même « anormalement » rapide selon ces auteurs et l’on estime qu’environ 1 tiers des espèces sont concernées par un risque d’extinction (HOULAHAN et al. 2000, STUART et al. 2005, VREDENBURG et al. 2010, COURTOIS et al. 2014).

Certaines hypothèses générales peuvent expliquer ce constat : fragmentation des habitats, changements climatiques, pollutions… Mais la découverte en 1974 d’un champignon pathogène va permettre, quelques années plus tard, de lui imputer un rôle majeur dans la disparition des amphibiens. Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) est un champignon aquatique, appartenant à la classe des Chytridiomycetes (ou Chytride), qui infecte les individus et provoque leur mort en bloquant la respiration cutanée. Cette maladie s’appelle la chytridiomycose. Le champignon est présent sur tous les continents – excepté en Antarctique – où il affecterait 500 des 7000 espèces connues aujourd’hui (COURTOIS et al,. 2014). En réalité, plusieurs souches de Bd existent dont l’hyper-virulente Bd GPL (pour «Bd Global Panzootic Lineage»), la souche à l’œuvre sur  5 continents et responsable des déclins de population avérés en Amérique du nord, Amérique centrale, dans les Caraïbes, en Australie et en Europe (FARER et al., 2011). Cette souche mutante serait originaire de Corée si l’on en croit la très récente étude menée par des chercheurs de l’Imperial College de Londres, étude relayée par le journal Le Monde il y a 15 jours.

Cette panzootie – soit une épizootie touchant une population animale sur un ou plusieurs continents – s’est répandue avec l’échange et le commerce d’animaux qui auraient pu contaminer des populations dites « naïves » à travers les continents.

La dissémination du champignon s’effectue par zoospores dans les milieux aquatiques. Si bien que certaines espèces réputées arboricoles ou terrestres présentent tout de même le risque d’être infectées lors de leur stade larvaire qui nécessite des points d’eau. En Australie, où la maladie est très virulente et largement documentée, les espèces d’amphibien associées à des milieux aquatiques permanents ou à des cours d’eaux sont plus menacées que celles au système de reproduction terrestre (SCHMELLER et al., 2014). En Colombie, située dans un autre « point chaud » de la maladie, Bd montrerait à l’inverse une plus grande prévalence dans les milieux de forêts de plaine (COURTOIS et al,. 2014). Le phénomène reste donc encore assez complexe dans son appréhension.

L’occurrence de Bd en Guyane

L’Amérique du sud figure donc parmi les espaces géographiques les plus sérieusement touchés. La récente étude de COURTOIS et al. (2014) tente de dresser un état des lieux en Guyane française : quelle est la distribution du champignon sur le territoire ? Quelles espèces sont impactées et dans quelles proportions ? Selon eux, la zone néotropicale souffre d’un manque de données concernant la distribution du champignon, malgré son recensement dans la quasi-totalité des pays d’Amérique du sud.

Sur les 11 sites étudiés, 8 étaient concernés par la présence de Bd. La prévalence de la maladie varie d’une espèce à l’autre. Ainsi, la plus forte prévalence concernait l’espèce Allobates femoralis (43.3%), suivie de Ranitomeya amazonica (13.3%), Anomaloglossus baeobatrachus (12.1%), et Dendrobates tinctorius (9.3%).

L’étude démontre une large distribution de Batrachochytrium dendrobatidis dans ce département français, depuis les forêts d’altitude aux forêts de plaine. Le bouclier guyanais est notamment réputé pour sa grande diversité d’amphibiens et la présence d’espèces endémiques. La maladie présente donc une grande menace en termes de protection et de préservation de ces espèces, comme c’est le cas dans d’autres parties du monde. En Amérique du nord par exemple, le champignon a fait disparaître à l’état naturel l’espèce endémique du Wyoming Anaxyrus baxteri (Liste Rouge de l’UICN).

Carte de localisation des 11 sites de suivis entre 2011 et 2012. Les cercles verts sont Bd-négatifs et les cercles Bd-positifs sont indiqués en jaune (1-5% de prévalence envers les espèces), orange (5-10% de prévalence envers les espèces), et rouge (>10% de prévalence envers les espèces). Source : COURTOIS et al. 2014 – doi:10.1371/journal.pone.0125128.g001

L’étude aboutit à l’identification de certaines espèces sentinelles pour détecter et suivre la maladie en Guyane. Dendrobates tinctorius, Allobates femoralis et Anomaloglossus baeobatrachus sont proposées en raison de leur taux de prévalence envers la maladie et de leur relative abondance sur le territoire. Toutefois, les auteurs soulignent que les  impacts de Bd sur les populations de Guyane française sont encore inconnus. La prédation et les destructions rapides de certains écosystèmes tropicaux compliquent la détection des individus morts ou mourants (COURTOIS et al. 2014). Ils préconisent en parallèle l’échantillonnage d’espèces appartenant au genre des Leptodactylidae et des Craugastoridae, espèces sympatriques vis-à-vis de celles citées précédemment. A noter tout de même que plusieurs populations d’une espèce endémique de Guyane (Anomaloglossus degranvillei), répertoriée et documentée entre 2001 et 2012, n’ont plus été contactées lors de prospections récentes selon un article du blog « Une journée en Guyane », dont l’un des auteurs est responsable de l’étude mentionnée ici.

Une augmentation significative de la prévalence de Bd chez deux espèces (D. tinctorius et A. femoralis) sur une période de 3 ans suggèrerait une arrivée récente de Bd sur le territoire et une expansion en cours.

Tableau présentant le nombre d’individus prélevés pendant l’étude entre parenthèses. Les changements significatifs de prévalence de Bd sont indiqués en gras (test de Fisher, p<0.05). Source : COURTOIS et al. 2014 – doi:10.1371/journal.pone.0125128.t004

Si des espèces infectées n’ont pas montré le signe d’un déclin avéré, d’autres accusent d’une diminution rapide de leurs effectifs après que la prévalence ait franchit un certain seuil, comme l’ont confirmé des études au Venezuela et en Australie. De telles différences pourraient être associées aux réponses différentes des organismes des espèces et concerneraient également le génotype de Bd présent sur le territoire (COURTOIS et al. 2014).

Carte de la diversité des amphibiens. Source : Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN)
Sources

COURTOIS, E. A. et al., 2014. « Widespread Occurrence of Bd in French Guiana, South America ». PLoS ONE 10(4): e0125128. doi:10.1371/journal.pone.0125128

FARRER, R. A. et al., 2011. « Multiple emergences of genetically diverse amphibian-infecting chytrids include a globalized hypervirulent recombinant lineage ». PNAS. 2011; 108: 18732–18736. doi: 10.1073/pnas.1111915108 PMID: 22065772

HOULAHAN et al., 2000. « Quantitative evidence for global amphibian population declines ». Nature. 2000; 404: 752–755. PMID: 10783886

SCHMELLER, D.S. et al., 2014. « Microscopic aquatic predators strongly affect infection dynamics of a globally emerged pathogen ». Current Biology. 24: 176–180. doi: 10.1016/j.cub.2013.11.032 PMID: 24374305

STUART et al., 2005. « Status and trends of amphibian declines and extinctions worldwide ». Science. 2004; 306: 1783–1786. PMID: 15486254

VREDENBURG et al., 2010. « Dynamics of an emerging disease drive large-scale amphibian population extinctions ». PNAS. 2010; 107: 9689–9694. doi: 10.1073/pnas.0914111107. PMID: 20457913

Sites internet

http://www.iucnredlist.org/details/54583/0 [consulté le 28/05/2018]

https://www.lemonde.fr/sciences/article/2018/05/14/le-champignon-tueur-de-grenouilles-venait-de-coree_5298760_1650684.html [consulté le 28/05/2018]

http://www.une-saison-en-guyane.com/article/faune/la-fievre-des-grenouilles/ [consulté le 28/05/2018]